Most of the kokugos lead with the imperial seal sense. I wouldn't assume it's that rare a meaning.

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-<misc>&rare;</misc>

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霊璽	2173
霊璽簿	1939

れい‐じ【霊璽】
https://kotobank.jp/word/霊璽-660993
〘名〙
① 天子の印章。御璽。
② ＝みたましろ（御霊代）

デジタル大辞泉「霊璽」の解説
れい‐じ【霊璽】
１ 天子の印章。御璽ぎょじ。
２ 神や死者の霊の代わりとして祭るもの。御霊代みたましろ。

霊璽（れいじ）とは、神道に則って故人を家庭で祀る際に、その御霊を移す依り代となるものです。仏教における位牌に相当するもので、御霊代（みたましろ）とも呼ばれます。霊璽には位牌における戒名と同様に霊号を文字入れし、仏壇に相当する祖霊舎（それいしゃ、みたまや）に安置します。
https://www.e-sogi.com/guide/13996/#:~:text=霊璽（れいじ）と,まや）に安置します。

The definition below is specifically as it pertains to the 霊璽簿 at the Yasukuni Shrine.
霊璽は霊代（たましろ・れいだい）とも言い、死者や神の霊の依り代として、あるいは印として祀るもののことです。
https://xn----kx8az2i36lupjdj1anga468t.jinja-tera-gosyuin-meguri.com/category/靖国神社・境内の見どころ/靖国神社「霊璽簿奉安殿」

There is an entry in this dictionary for 霊璽簿, "Book of Souls (in the Yasukuni Shrine)"/"book of the dead".

The last kanji is 簿 "register, record book", so I wondered what 霊璽 means.  Usually jmdictdb contains these kinds of prefixes, but this one was missing.

I only really care about definition [1], which is what is relevant here, but [[2] imperial seal] is clearly in the daijisen.  Given all the other terms for "Imperial seal", and the fact that the n-grams for 霊璽簿 are almost as high as for 霊璽, I am *guessing* that the "imperial seal" interpretation is rare.  I would not mind if it were not included.