daijr: ① してしまう。やってのける。困ったことを引き起こす場合に使う。「大それたことを―・す」
       ② 見事に作り出す。「次第に思ひ入をはづさず，金銀を―・し」〈浮世草子・日本新永代蔵〉
meikyo: 困ったこと、また大きなことなどをする。やらかす。やってのける。

All these glosses correspond to daijr's first sense. Sense 2 is archaic. やってのける is defined as "みごとにやる。普通の人はしないようなことをやりとげる。"
I don't object to this split, though.
Daijr/s only have 仕出かす and 為出かす. I think 仕出来す can be hidden.

@@ -8 +8 @@
-<keb>仕出来す</keb>
+<keb>為出来す</keb>
@@ -12,2 +12,2 @@
-<keb>為出来す</keb>
-<ke_inf>&rK;</ke_inf>
+<keb>仕出来す</keb>
+<ke_inf>&sK;</ke_inf>
@@ -26 +26,2 @@
-<gloss>to make (a blunder)</gloss>
+<gloss>to (go and) do</gloss>
+<gloss>to make (a blunder, mess, etc.)</gloss>
@@ -34 +34,0 @@
-<gloss>to do</gloss>
@@ -36,0 +37 @@
+<gloss>to pull off</gloss>

JEs, RP

It's more a case of usually having a negative nuance, but probably two senses makes it clearer.

@@ -25,0 +26,8 @@
+<gloss>to make (a blunder)</gloss>
+<gloss>to perpetrate</gloss>
+<gloss>to carry out</gloss>
+</sense>
+<sense>
+<pos>&v5s;</pos>
+<pos>&vt;</pos>
+<misc>&uk;</misc>
@@ -27,2 +34,0 @@
-<gloss>to make (a blunder)</gloss>
-<gloss>to carry out</gloss>

daijr

Should 'blunder' and 'accomplish' not be made into different senses? It is done so in daijr.